SboM-AG3 基因組的一般特征
基因組序列以單個(gè)重疊群形式獲得，代表了 19 倍覆蓋度的共識(shí)讀取?；蚪M大小約為 158,091 bp，G+C 含量為 50.4%；后者與其宿主細(xì)菌鮑氏志賀氏菌（51 mol%）幾乎相同。由于脈沖場(chǎng)凝膠電泳表明噬菌體基因組約為 165 kb，該噬菌體基因組是末端冗余的，具有 3.5 kb 的冗余區(qū)域。為了與沙門氏菌噬菌體 ViI 進(jìn)行比較，SboM-AG3 基因組在注釋前在 rIIA 同源物上游處打開。
開放閱讀框（ORFs）的鑒定和分析
序列中沒有通過 BLASTX 分析證明存在的移碼?；蚪M使用 AutoFACT 進(jìn)行自動(dòng)分析，輔以 tRNA 分析；并通過使用 Kodon 結(jié)合每個(gè)蛋白質(zhì)的 BLASTP、PFAM、TMHMM 和 Phobius 分析進(jìn)行手動(dòng)注釋。
基因組中共鑒定出 216 個(gè) ORFs（圖 3；附加文件 1，表 S1）。共有 146,356 個(gè)核苷酸（基因組的 92%）參與編碼推定蛋白質(zhì)。使用了四種不同的起始密碼子：ATG、GTG、CTG 和 TTG，頻率分別為 95.4%、3.2%、0.9% 和 0.5%。在 2009 年初首次注釋時(shí)，只有 107 個(gè) ORFs 的產(chǎn)物與 NCBI 非冗余數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)具有同源性。使用 CoreGenes 進(jìn)行的詳細(xì)比較蛋白質(zhì)組學(xué)分析顯示，該噬菌體與原綠球藻噬菌體 P-SSM2 共享 46 個(gè)同源物，與大腸桿菌噬菌體 T4 共享 57 個(gè)，與氣單胞菌噬菌體 Aeh1 共享 60 個(gè)，有趣的是，與德爾夫特菌噬菌體共享 69 個(gè)（該噬菌體基因組大小為 8,006 bp，G+C 含量為 42.9%），這表明 SboM-AG3 是有尾噬菌體目 T4 超家族的一個(gè)外圍成員。
最近的分析顯示，該噬菌體編碼的大多數(shù)蛋白質(zhì)（179 個(gè)或 82.8%）與沙門氏菌噬菌體 ViI 顯示序列相似性。另一個(gè)與 SboM-AG3 共享序列相似性的病毒是大腸桿菌 O157:H7 噬菌體 PhaxI，其在 GenBank 中由六個(gè)片段代表（HQ259285-HQ259290）。
密碼子使用和 tRNAs
發(fā)現(xiàn) ΦSboM-AG3 基因組包含四個(gè) tRNA 基因，對(duì)應(yīng)三種氨基酸，即絲氨酸（反密碼子：TGA 和 GCT）、天冬酰胺（GTT）和酪氨酸（GTA）。雖然描述沙門氏菌噬菌體 ViI 基因組的稿件表明存在五個(gè) tRNAs，但這些數(shù)據(jù)未包含在其 GenBank 提交中（FQ312032）。這兩種病毒共享 tRNA-Asn、tRNA-Tyr 和 tRNA-Ser(GCT)，但不同之處在于 ViI 額外有兩個(gè) tRNA，分別是 Met(CAT) 和 Gln(TTG) 的 tRNA，而 SboM-AG3 擁有第二個(gè)絲氨酸-tRNA。在這兩種病毒中，tRNA 基因在基因組上的相對(duì)位置相同。SboM-AG3 tRNAs 的 GC 含量在 53.9% 到 56.2% 之間。將這些 tRNAs 添加到 ORFs 中，SboM-AG3 基因組的總編碼容量為 146,481 bp 或 92.7%。將噬菌體的密碼子使用模式與其宿主（鮑氏志賀氏菌）進(jìn)行比較表明，這些 tRNA 都不太可能增強(qiáng)翻譯。我們鑒定了六個(gè)在噬菌體基因中顯著過表達(dá)的密碼子（頻率≥30% 且增加≥1.5 倍）（苯丙氨酸[UUC]、異亮氨酸[AUG]、脯氨酸[CCU]、賴氨酸[AAG]、天冬氨酸[GAC] 和精氨酸[CGU]），然而噬菌體并未指定相應(yīng)的 tRNA。
在以下部分，我們將簡(jiǎn)要討論一些噬菌體編碼蛋白的作用。
核苷酸代謝、DNA 復(fù)制和重組
ΦSboM-AG3 基因組包含許多參與核苷酸代謝、DNA 復(fù)制和重組的基因。在前一類中，有 dNTP 二磷酸酶（orf063）、一個(gè)推定的煙酰胺磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶（orf149）、NrdA（orf093）、NrdB（orf090）和谷氧還蛋白（orf088）同源物，以及胸苷酸合成酶（orf066）。至少鑒定出九個(gè)基因在大腸桿菌噬菌體 T4 的 DNA 復(fù)制中發(fā)揮重要作用，包括 DNA 聚合酶（orf236）、引物酶（orf102）、三個(gè)被定義為具有解旋酶活性的蛋白質(zhì)（gp orf041/059/125）和 DNA 連接酶（orf045）。重組蛋白包括兩個(gè)拓?fù)洚悩?gòu)酶（orf014/017）、一個(gè) T4 gp46/47 重組酶對(duì)（orf119/121）和 UvsWXY 同源物（orf168/061/170）。
裂解
在基因組中未檢測(cè)到編碼溶菌酶或裂解酶的基因。Holin 通常是小蛋白質(zhì)，其特征在于存在兩個(gè)或三個(gè)跨膜（TM）結(jié)構(gòu)域。這些標(biāo)準(zhǔn)排除了基因 9.1、78、117、244 或 246，它們分別具有 65、103、54、65 和 61 個(gè)氨基酸。由于 holin 基因通常在噬菌體基因組上相鄰排列，對(duì)基因 10、11、79、80、243 和 247 進(jìn)行的詳細(xì) PSI-BLAST 檢查未能揭示溶菌酶同源物或結(jié)構(gòu)域。
轉(zhuǎn)錄和調(diào)控序列
在沙門氏菌噬菌體 ViI 的基因組序列中未鑒定出任何轉(zhuǎn)錄調(diào)控位點(diǎn)?；谂c由 Sigma 70 識(shí)別的共識(shí)管家大腸桿菌啟動(dòng)子（TTGACA(N15-18)TATAAT）的序列同源性，初步鑒定了八個(gè)啟動(dòng)子（附加文件 2，表 S2），它們可能用于早期轉(zhuǎn)錄。
T4 相關(guān)噬菌體中晚期基因的轉(zhuǎn)錄起始涉及核心 RNA 聚合酶、噬菌體編碼的 sigma 因子（gp55）、一個(gè)輔助蛋白（gp33）和滑動(dòng)夾蛋白 gp45 之間的復(fù)合物，該復(fù)合物“促進(jìn)轉(zhuǎn)錄延伸”。這適用于 SboM-AG3 的產(chǎn)物。SboM-AG3 編碼所有三種蛋白質(zhì)的同源物：gp55（Orf122）、gp33（Orf076）和 gp45（Orf165）?；谕砥趩?dòng)子的序列（TATAAATA）并允許一個(gè)錯(cuò)配，在 SboM-AG3 的基因組中鑒定了 17 個(gè)推定的晚期啟動(dòng)子。在三種情況下，推定的啟動(dòng)子可能導(dǎo)致被推定為晚期產(chǎn)物的表達(dá)：P orf072（T4 樣 gp2 DNA 末端保護(hù)蛋白上游）、P orf084（gp5 基板中心亞基）和 P orf217（gp6 基板楔形亞基）。構(gòu)建了一個(gè) WebLogo，從中得出的共識(shí)序列 TNT(N3)A(N10)C(N2)ATNAATA 被用于搜索基因組中其他潛在的晚期啟動(dòng)子，允許一個(gè)錯(cuò)配。鑒定出了三個(gè)。
發(fā)現(xiàn)了四十個(gè)基因間 ρ-非依賴性終止子，這種情況讓人聯(lián)想到大腸桿菌噬菌體 T1（附加文件 2，表 S2）。
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