微生物肥料的功能是多方面的。主要功能是向植物提供營養(yǎng)。首先是提供有效氮、磷、鉀等主體營養(yǎng)。同時也使土壤中的中量元素和微量元素作為植物營養(yǎng)的有效性大為提高。微生物在降解土壤有機物時，產生的許多小分子含碳有機物，有的可供植物直接吸收，有的形成了植物激素，有的形成抗性物質，對提高作物品質，抗性、產量都有好處。
除了肥料的主體功能外，微生物肥料還可保持土壤中的水分，防止土壤已有肥料的流失。微生物肥料中微生物的代謝活動可以散發(fā)出一定量的生物熱，可以增加地溫，由于微生物的活動，可使土壤空松，增加土壤孔隙度，防止土壤板結。
微生物肥料還有一定的環(huán)保功能，它可減少農業(yè)廢棄物，如畜禽糞便，秸稈造成的環(huán)境污染，將它們轉化為有用的農業(yè)資源；它可以降解農藥殘留，可以消除上一茬過量除草劑的殘留，減少不同種植品種間的影響。還有一些微生物菌劑，可以吸附土壤中的部分重金屬，減少可食作物中的重金屬殘留。
長期使用微生物肥料，可以減輕病蟲草害，減少農藥施用量，逐步提高無殘留農作物在農產品中的比例，從而增加農民收入，提高消費者健康水平。長期使用微生物肥料，還可提高土壤腐殖質，使得土壤越用越好，防止土壤退化，實現(xiàn)養(yǎng)地的功能。
在《微生物肥料生產菌株質量評價通用技術要求》(NY/T1847—2010）行業(yè)標準中，將微生物肥料作用機理通過菌株質量評價方式歸納為6個方面，其具體功能表述為：提供或活化養(yǎng)分功能、產生促進作物生長活性物質能力、促進有機物料腐熟功能、改善農產品品質功能、增強作物抗逆性功能、改良和修復土壤功能。
該標準是我們對微生物肥料產品包裝標識、技術培訓和廣告宣傳的依據(jù)。同時，按照《微生物肥料田間試驗技術規(guī)程及肥效評價指南》(NY/T 1536—2007)的規(guī)定，進行田間試驗的方案設計、試驗實施、數(shù)據(jù)分析、效果評價和試驗報告撰寫，實現(xiàn)對微生物肥料功能效果的科學客觀評價。
微生物肥料有這么多功能，若要使這些功能充分得到發(fā)揮是需要一些條件的。主要條件就是水、溫度和有機物。在干旱的沙漠地帶很難發(fā)揮微生物肥料的功能，在嚴寒的凍土地區(qū)，周年都在0℃左右的土壤中很難發(fā)揮微生物肥料的功能。如果土壤中缺少有機質，微生物無法獲得生長所需的能源和微生物繁殖所需的有機元素，就無法進行新陳代謝活動，微生物也發(fā)揮不了其在農業(yè)生產和環(huán)境物質轉化中的有效功能。
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